奥密克戎毒株的遗传谱系名称为B.1.1.529，这种变异毒株于2021年11月9日在南非被首次确认。同年11月26日，世界卫生组织将B.1.1.529列为“需要关注”的变异毒株，并以希腊字母“奥密克戎”（Ο）命名。
据世卫组织官网介绍，奥密克戎毒株包括B.1.1.529谱系和它的后代谱系BA.1、BA.1.1、BA.2和BA.3。迄今BA.1感染病例在全球奥密克戎感染病例中占绝大多数，认为奥密克戎毒株“需要关注”的证据都是基于BA.1的基因序列。然而，与BA.1基因组有多处不同突变的BA.2毒株感染病例数在许多国家正逐渐增长。
根据对新冠病毒遗传谱系进行分类和命名的国际公共平台Pango介绍，BA.2毒株基因组最早发现于2021年11月27日提交到“流感数据共享全球倡议”平台的一份样本中，该样本于2021年11月17日从南非豪滕省采集。
据世卫组织21日发布的报告，印度、南非、英国、丹麦等国的BA.2毒株感染占比正在提升。另据外媒报道，自2021年11月17日以来，全球已有约40个国家和地区总计向“流感数据共享全球倡议”平台提交近1.5万份BA.2毒株基因组序列。
丹麦国家血清研究所20日发布的公报说，BA.2毒株正迅速取代BA.1毒株在该国传播。在2021年最后一周，BA.2毒株感染病例占丹麦所有新冠确诊病例的20%，到2022年第二周这一比例已升至45%。
据英国卫生安全局21日发布的声明，BA.2毒株已被该局认定为“正被调查的变异毒株（VUI）”。截至21日，英国已通过全基因组测序确诊超过400例BA.2毒株感染病例。该国迄今发现的最早病例可追溯到2021年12月6日。BA.1仍是在英国传播的主要毒株，BA.2感染病例目前占比很低。
BA.2的传播能力等特性正被研究分析，迄今还不明确。据世卫组织介绍，绝大多数奥密克戎毒株基因序列携带一个刺突蛋白基因段缺失的突变，针对这一特定突变的筛查可快速将奥密克戎感染和其他变异新冠毒株感染区别开来。然而BA.2的基因组没有这一基因段缺失，从而无法在常规的奥密克戎感染筛查中被发现，由此获得“隐形奥密克戎”之称。
英国卫生安全局表示，尚不清楚BA.2毒株基因组发生的变化将产生哪些影响。初步证据显示，与BA.1相比，BA.2感染病例数的增长速度可能更快。目前还没有足够证据确定BA.2是否会比BA.1引起更严重的疾病。
丹麦国家血清研究所认为，初步分析显示，BA.2与BA.1毒株在导致患者住院率方面没有差异。